O transporte intermunicipal e interestadual de qualquer espécie animal deve ser feito com o acompanhamento da Guia de Trânsito Animal - GTA. Para transitar com bovinos e bubalinos o documento deve ser, obrigatoriamente, retirado em qualquer um dos escritórios do IMA. Para as outras espécies animais, os médicos veterinários habilitados para emissão de GTA também podem emitir o documento. Para o transporte internacional a documentação é de responsabilidade do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento.